Es uno de los museos más interesantes y complejo de la red; además es el museo que consagra por excelencia el principio de institución que colecciona, conserva, estudia y comunica los contenidos de su colección para el cual debe asumir tres funciones esenciales: investigación, interpretación y comunicación.Como se sabe, Piedra Pintada es un yacimiento arqueológico con siete (7) zonas de interés arqueológico. Estas zonas arqueológicas se ubican en un área de más de 50 hectáreas; el parque posee un edificio con características de centro de documentación en el cual se presenta un guion museográfico basado en un plan museológico que comprende la teoría temprana de los primeros pobladores del continente Abya Yala (nombre ratificado en tres cumbres indígena: año 2000 en México, 2004 en Ecuador y 2007 en Guatemala), lo que hoy conocemos como América; así como la representación de los Petroglifos y Megalitos en un contexto local y global.
La Dirección de Patrimonio Cultural e Histórico ha iniciado un proceso de registro de cada zona arqueológica, en donde se levanta un estudio de cada roca y los glifos contentivos en ellas, además de los menhires dispuestos en las diferentes zonas arqueológicas. El estudio incluye la evaluación del terreno y el área de amortiguamiento que permita, no solo el resguardo, sino la construcción de dispositivos arquitectónicos de descanso y señaléticas con demarcación de ruta.
En la nueva visión museológica, el museo brinda actividades de la vida de hoy, vinculando al usuario con los contenidos históricos de nuestra patria, a través de una programación artística y cultural que contempla la música, la danza, el teatro, la literatura y los juegos didácticos dirigidos a niños, niñas y adolescentes.